Двенадцать лет назад до начала основных событий, гигантский девятихвостый лис атаковал Коноху — деревню Наруто. Ради спасения деревни, четвёртый Хокаге — вождь деревни — запечатал дух этого лиса внутри ребёнка по имени Наруто. Хокаге умер, став героем своей деревни, желая, чтобы люди считали Наруто героем тоже. Но, к сожалению, для большинства Наруто — девятихвостый лис Кьюби, поэтому они ненавидят его. Их дети не знают его секрет, но тоже ненавидят, как и их родители.
Главная мечта основного персонажа — Наруто — стать самым лучшим ниндзя в своём селении, то есть Хокаге. На пути к этой мечте стоит множество преград: окружающие, которые не признают Наруто и презирают его, скептически настроенные одноклассники, учителя, считающие его самым худшим учеником из возможных. Со временем к этому списку добавляются и враги, настроенные весьма решительно. Но Наруто не сдаётся и своими поступками умудряется переубедить всех, в том числе и зрителей.
Сериал начинается с того, что Наруто заканчивает обучение в «Академии Ниндзя» и, успешно пройдя все экзамены, начинает выполнять различные миссии в команде с двумя сверстниками и одним учителем по имени Хатаке Какаши, постепенно совершенствуясь. Через полгода приходит время очередного экзамена, но его закончить благополучно не удаётся из-за внезапного нападения на их родную деревню. Атаку удаётся отбить, но селение теряет Хокаге, а Наруто — одного из друзей, который решил перейти на другую сторону. Сторону повелителя змей Орочимару, который когда-то был одним из Легендарных Саннинов Конохи, но потом ушел в преступную организацию Акацуки. Почти все последующие действия главных героев продиктованы желанием вернуть ушедшего, но пока что им это не удалось.
Мы начинаем играть со второго сезона, когда Наруто вернулся от Джирайи в Коноху. Сакура уже тоже подросла и освоила мед. техники. Другие друзья Наруто тоже. Однако Саске все еще у Орочимару и он жаждет мести, тогда как Наруто хочет вернуть его. Акацуки не дремлют и снова хотят схватить Наруто и остальных хвостатых...